ТЕС-терапията има ограничен кръг противопоказания: 1. Гърчови състояния, епилепсия; 2. Остри травми и тумори на гловния мозък; 3. Хидроцефалия; 4. Хипертонични кризи; 5. Остри психически разстройства; 6. Тиреотоксикоза; 7. Повреждане на кожата в местата на поставяне на електродите; 8. Наличие на вградени стимулатори. 9. Възраст до 5 години.