Някои може да твърдят, че аквапониката е друг вид хидропонна система, но всъщност не е .Това, което прави аквапониката различна, е начинът по който са извлечени хранителните вещества, без значение как са поднесени на растението. Техниката по аквапониката и снабдяването на корените с хранителни вещества получени от разлагането на рибни отпадъци, би могло да се приложи при всяка от 6-те вида хидропонни системи. Просто трябва обикновеният напоителен резервоар да се замени с аквариум за рибки.
Аквапониката е много по-сложна, защото целта е да контролирате нивата на хранителните вещества естествено чрез микроорганизми, бактерии и микро флора, които живеят в рибната вода, за да разграждат отпадъците от риба до хранителните вещества, които растенията могат да използват. С други думи, аквапониката е процес на извличане на хранителни вещества от отпадъците от риба, и създаване на торове. Но това няма връзка с технологията, чрез която водата, хранителните вещества и кислородът биват доставени до корените на растенията.